二级督导是指各二级学院和各教学部的兼职督导员，原则上由各院部不担任其他行政职务并具有副高以上职称的教师担任。二级督导员由各院部遴选，报校督导室协商确定，再由校督导委员会批准。
目前，各院部的二级督导员是：
太阳能学院韦建德教授,
建筑工程学院李平教授,
艺术学院林长武教授,
生物与化学工程学院史君雄副教授,
健康管理学院曹卫洁副教授,
信息工程学院章欣教授（院长兼）,
国际旅游与经济管理学院赵汉平教授,
机电工程学院李春轩高级工程师，
航海学院揭军武副教授（副院长兼）,
公共课教学部吴海威副教授,
思想政治课教学部林燕教授